En avril de 1816, Neukomm part au Brésil avec le duc de Luxembourg chargé de rétablir les relations diplomatiques entre la France et le Portugal. Avec les invasions napoléoniennes, quelques années auparavant, le roi portugais avait été obligé de prendre la fuite et de s’installer avec sa cour à Rio de Janeiro. Ce faisant, D. João VI (connu aujourd’hui comme le protecteur des arts) instaure au Brésil une effervescence culturelle, intellectuelle et politique capable de conduire à son indépendance du Portugal en 1822. Protégé par le comte de la Barca, Neukomm jouit, dans les premières années de son séjour brésilien, d’un statut très confortable. Mais, avec la mort de son protecteur, les éclats du mouvement d’indépendance et la jalousie du compositeur Marcos Portugal, favori du roi, sa condition devient de plus en plus difficile. Quelques jours seulement avant le retour précipité du roi au Portugal, Neukomm quitte le pays. Les cinq années passées à Rio de Janeiro auront été, du moins pour le Brésil, très productives : il transcrit et harmonise les modinhas de Joaquim Manuel da Câmara, utilise pour la première fois un thème brésilien dans une œuvre de musique savante (L’Amor brazileiro [sic], un Caprice sur un lundu brésilien), écrit une messe pour l’acclamation de D. João VI, et enfin maintient avec le périodique Allgemeine Musikalische Zeitung une correspondance qui constitue aujourd’hui un riche témoignage de la vie musicale brésilienne de l’époque.